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二类银行卡是会影响交学费的。二类卡每日的转账限额是一万元，每年累积不能超过20万元，如果学校一年的学费超过一万元，则学校的自动扣款功能将会失效，从而导致扣款失败，只能去学校的财务处使用新的银行卡重新交学费。

二类银行卡基本功能：

1、二类卡可以办理存款、购买银行投资理财产品、限额消费和缴费、限额向非绑定账户转出资金业务、取现业务。经银行工作人员现场面对面确认身份的，可以配发银行卡实体卡片。银行可以向二类户发放本银行贷款资金并通过二类户还款。

2、二类卡额度的消费、缴费、非绑定账户资金转出等资金日累计限额为1万元，年累计限额为20万元。发放贷款和贷款资金归还、代发工资、信用卡绑定账户系统自动还款不受转账限额限制。